瓊脂糖凝膠電泳是利用DNA、RNA分子帶負(fù)電荷磷酸基團(tuán)的特性,通過電流使得片段大小不同的核酸由負(fù)極的凝膠孔中緩慢向正極移動,最終達(dá)到分離核酸分子的技術(shù)。由于分子量小的核酸片段在凝膠中移動速度較快,分子量大的核酸片段移動相對較慢的特點,就可以將分子量不同的核酸片段區(qū)分開,再結(jié)合DNA Marker,即DNA分子量固定已知的標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行分析,就可以準(zhǔn)確識別和判斷核酸片段大小,也就是跑出來的“小東西”到底是不是我們想要的目的基因。
瓊脂糖凝膠電泳技術(shù)目前在生物學(xué)科中有非常廣泛的應(yīng)用,但是在這個過程中有幾點小細(xì)節(jié)還需要我們多多注意哦:
①瓊脂糖凝膠制備。在制備之前,我們首先要確定瓊脂糖凝膠濃度,當(dāng)我們需要跑小片段核酸時,就需要制備濃度較高的瓊脂糖凝膠,這樣DNA片段跑起來的阻力變大,速度變慢,反之亦然。通常情況下,瓊脂糖凝膠的濃度在1%左右,即1克瓊脂糖與100毫升電泳緩沖液混勻制成,二者體積總和不要超過錐形瓶的三分之一。搖晃混勻后用微波爐加熱到微沸狀態(tài),搖勻后繼續(xù)加熱至微沸狀態(tài),再次搖勻,反復(fù)多次,直至溶液變的清澈明亮。避免溶液暴沸的情況出現(xiàn),以免影響跑膠效果。冷水沖洗瓶壁略微降溫后添加適量核酸染料,搖勻倒入插入梳子的模具中,等待30-60 min凝膠完全凝固即可,盡量在3小時內(nèi)使用完畢。
②樣品準(zhǔn)備。樣品在從PCR儀中取出后不要急于點樣,因為樣品剛?cè)〕鰰r管內(nèi)液體和氣體溫度很高,非?;钴S,馬上開蓋會造成擴(kuò)增產(chǎn)物彌散到空氣中,造成實驗室氣溶膠污染。所以可以在-20℃冷卻5 min,或在4℃冷卻20 min再離心上樣。樣品上樣前需要加入上樣緩沖液,混勻后取適當(dāng)?shù)牧浚?/span>5-10微升)緩慢注入梳子孔中,由于上樣緩沖液的作用,我們可以清晰看見樣品注入的過程,與電泳過程中核酸移動的距離。
③電泳。凝膠帶孔的一側(cè)放入負(fù)極一側(cè),因為核酸樣品由負(fù)極移動向正極,負(fù)極一般用黑色表示。電泳槽倒入與凝膠相同的電泳緩沖液,確保電泳槽液面可以沒過凝膠表面。必須注意點樣開始和完畢后盡量不要移動電泳槽,以免造成樣品擴(kuò)散到電泳液中。點樣完畢后靜置2 min,如若樣品過多,需要加快點樣速度,避免先點的樣品擴(kuò)散,影響條帶結(jié)果。上述工作完成后蓋嚴(yán)電泳槽蓋,打開電源,電壓設(shè)置120V左右,跑膠20-30 min即可。注意觀察凝膠上染料移動位置,進(jìn)而減少或增加時間。
④結(jié)果判讀。取出凝膠放在切膠儀或凝膠成像分析儀上,用紫外燈照射觀察、拍照留存條帶結(jié)果。根據(jù)DNA Marker的條帶位置比照分析,得出目的條帶的位置(大?。⒘炼龋〝?shù)量)和非特異性擴(kuò)增(擴(kuò)增效果)。
結(jié)合上面的介紹,你有沒有存在日常操作中對小細(xì)節(jié)的疏忽呢?瓊脂糖凝膠電泳從制備、上樣、電泳和結(jié)果判讀,每一步環(huán)環(huán)相扣,一點點問題都會體現(xiàn)在最終的結(jié)果上。在實驗中為了更好的實驗效果,推出瓊脂糖、TAE速溶粉末,核酸染料,上樣緩沖液等全套瓊脂糖凝膠電泳所需試劑,更有含染料的Taq酶預(yù)混液,不用再去加上樣緩沖液啦!擴(kuò)增完成即可直接點樣,省時省力,避免污染!你還在等什么?
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